环境税收的征收效力要高于行政手段收费，那么实施起来是否会加大企业特别是高排放、高污染企业的负担?南京大学税务研究专家黄贤金教授认为，环境税开征后，对于那些高污染企业来说，肯定将加重负担，因为环境税的一个重要目标就是倒逼高污染企业加快转型升级。而从长远看，此项税收最终将采取和国外消费税一样的征收模式，税额包括在价格里面，企业在为煤炭、水等付费时，费用里将加上环境税。
环境税开征后，化工作为高资源消耗和高污染行业，受其影响尤其偏大。记者在采访中发现，企业普遍表示一旦开征环境税，即使税率跟此前费率一样，由于收税具有强制性，没有缓冲，企业负担还是会增重。“将来，前面有资源税，后面有环境税，这势必对产品出厂价格产生较大影响。”一家化工企业负责人说。
但一些企业也表示，按政策方向调整企业排污行为是唯一选择。江苏恒盛化肥有限公司环保科周学强科长说：“下一个五年规划期，环保治理的法治化氛围更加浓厚，企业只有像对待技术研发、生产经营一样重视环保，并舍得投入资金，增设现代化环保设施，实施科学减排，才能化被动为主动。”
江苏灵谷化工有限公司安环部徐斌部长则认为，为了将来环境税的顺利实施，国家可以考虑适度降低企业所得税、营业税等，由此对冲环境税带来的短期副作用，从而实现环境保护和经济发展的双赢。
